Από το 2017 η δικαιοσύνη ξεκίνησε έρευνα για ύποπτες διαδρομές χρήματος προς τον Γιάννο Παπαντωνίου την περίοδο που ήταν υπουργός Εθνικής Άμυνας, οι τραπεζικοί λογαριασμοί του στις λίστες Λαγκάρντ και Μπόργιανς μαρτυρούσαν ύποπτες συναλλαγές και για την περίοδο που ήταν υπουργός Οικονομικών.
Έπειτα από την "μαραθώνια" απολογία του Γιάννου Παπαντωνίου και της συζύγου του Κατερίνας Κουράκου οι ανακριτές και ο εισαγγελέας αποφάσισαν την προφυλάκιση του ζεύγους Παπαντωνίου.